Año 1939. Fue cuando los Neuroi aparecieron por sorpresa en nuestro planeta. Nadie sabe de dónde son o para qué han venido, pero la realidad es que sus ataques expulsaron a la gente de los pueblos y países que llamaban hogar.
La humanidad inventó un arma Anti-Neuroi, y tomó las armas contra ellos. Este dispositivo, la Unidad Striker, es un nuevo tipo de escoba mágica que incrementa el poder mágico (lo único capaz de combatir los Neuroi) y permite volar gracias a ello. Con el fin usarlo para luchar, se reunieron magas de todas partes del mundo, conocidas como Witches.
Se formó una fuerza de élite para combatir a los Neuroi, la 501ª Unión de Guerreras Aladas. La gente llamó a estas jóvenes: ¡Las Strike Witches!
Yoshika Miyafuji se une a este grupo de jóvenes para cumplir su promesa de proteger el mundo, hecha a su difunto padre.