Todos los países del mundo unieron fuerzas para combatir a los Neuroi, un enemigo peligroso de la humanidad, que apareció de repente. Los únicos con el poder para oponerse a ellos fueron un grupo de élite de las jóvenes que poseían poderes especiales, mágicos. El protagonista, Yoshika Miyafuji, fue enviado desde el Imperio Fuso a Europa. Ella brillantemente logró derrotar a los Neuroi en la Galia e hizo muchos amigos en el camino. Los miembros de la 501 Ala Mixta aliados, más comúnmente conocido como Strike Witches, han podido disfrutar de seis meses de la paz en Europa después del final de la temporada 1. Pero de repente, el Neuroi aparecen de nuevo! Con el fin de proteger a Europa de la amenaza terrible que el Neuroi pose, el Strike Witches llevará al cielo una vez más!...