Isla Cruz del Sur (llamada así por su forma), es un exuberante lugar ubicado al sur de Japón. Takuto Tsunashi durante una noche en dicha isla decide bañarse en las orillas de la playa. Después de haber nadado desde el continente solo y sin nada consigo, este muchacho se inscribe en el nivel de preparatoria en la escuela Southern Cross High School de la isla. Con su personalidad brillante y positiva, empieza a amistarse con varios estudiantes en la escuela construyendo relaciones con muchos de ellos, incluyendo Wako Agemaki y Shindou Sugata. La historia de Star Driver: Kagayaki no Takuto se basa en esta escuela, en donde se esconde grandes secretos: Hay gigantes ocultos que yacen desde tiempos inmemoriables en unas ruinas subterráneas llamados "Cybuddies" que se mantienen ahi gracias a un sello que un grupo conocido como "Orden of the Glittering star cross" intenta remover utilizando a Wako Agemaki, conocida por ellos como "Doncella del Santuario" siendo ella la llave para activar a los Cybuddies, hay alrededor de 20 de estos gigantes, y son sólo algunos de los varios secretos guardados por todos en la isla: El secreto de los movimientos de la misteriosa organización conocida como "Kirahoshi Juujidan". Las canciones del santuario de doncellas. E incluso el propio Takuto pronto llegará a descubrir un gran secreto...