En el año 2079 D.C., un misterioso artefacto mecánico comienza la operación “Exterminio de la raza humana”. Después de dos años de guerras, los seres humanos son excedidos en número por los invasores, y finalmente deciden utilizar su última arma. Sacrificando su continente, planean eliminar al enemigo. No obstante más del 50% de los continentes son destruidos. Tres años más tarde, el enemigo que se suponia habia sido destruido es localizado dirigiendose a la central. Para eliminarlo el portaaviones Koryu sale a su encuentro secretamente. El Koryu lleva tres combatientes diseñadas por los científicos de la marina de guerra japonesa. Ellas son tres chicas jóvenes llamadas “Sky Girls”, Sakurano Otoha, Sonomiya Kren, e Ichijo Eika.
Es hora de volar en el aire que lleva el futuro y los sueños de los seres humanos.