Shiki Tohno sostiene una herida que amenaza su vida desde que es un niño, debido a eso es enviado lejos de la casa Tohno y fue dado a un pariente para que cuide de él. Años después, cuando Shiki esta en secundaria, el líder de la familia Tohno—su padre—muere, y se le ordena que regrese a la casa por su hermana Akiha, quien ahora es la nueva líder de la familia. Sin embargo, Shiki guarda un gran secreto. Después de aquella herida, el es capaz de ver líneas en los objetos, y solo con un par especial de lentes él puede dejar de verlas. El día que regresa a la casa de la familia es el día que se encuentra con una mujer llamada Arcueid Brunstud y la decapita con una puñalada de su cuchillo en un delirio temporal. Cuando ella de repente se muestra nuevamente frente a él con vida y muy bien, y le pregunta si quiere ser su guarda espalda, la aventura de Shiki para resolver su misterioso pasado da comienzo.