Diez años despues del comienzo de la era Meiji, un Samurai vaga por Tokyo para encontrar una nueva vida junto a sus amigos, tratando de escapar de su pasado, el mayor asesino de la dinastia Edo, y jurando no volver a matar.

Una antigua amenaza se cierne sobre la nueva era Meiji, el villano conocido como Shishio Makoto, el sucesor del Hitokiri Battousai que desaparecio de repente al final de la era Edo. Shishio y su Juppon Gatana se estan preparando para comenzar una revolucion y corregir los actos erroneos de la influencia occidental.