Chidori Kaname posee unos extraños poderes que le permiten entender el funcionamiento de tecnología avanzada, por lo que es el objetivo de varios grupos terroristas. Para escoltar la, la organización Mithril le asigna a Sousuke Sagara, un joven teniente, fanático militar y bastante asocial, que no está acostumbrado a la vida civil.

En clave de humor, Full Metal Panic? Fumoffu, secuela de Full Metal Panic!, no presenta las nuevas aventuras de estos personajes y su entorno, donde los problemas de adaptación de Sagara crearán más de una situación curiosa