Shirou Emiya perdió a sus padres en un incendio cuando era joven y fue adoptado más adelante por un hechicero por el nombre de Kiritsugu Emiya. Aunque él tenía mucha admiración por su padre adoptivo y anhela aliarse a la justicia, Shirou tení*a poderes limitados y no podía convertirse en un gran hechicero como su padre. Eso hasta que un dí*a destinado, lo involucraron dentro de la Guerra Santa por el Grial y tuvo que convocar a una "servant" femenina, conocida como Saber para protegerse él mismo.
Resulta que la Guerra Santa por el Grial implica una serie de batallas entre hechiceros de gran poder, con el fin de luchar por la posesión de una reliquia que conceda sus deseos, el Grial Santo. Hay en total siete "masters" quienes pueden convocar a sus respectivos "servant" de diversas clases conocidas como Saber, Archer, Rider, Berserker, Lancer, Caster y Assasin. Estos "servant" tienen que ocultar sus nombres en orden para no revelar sus debilidades a los enemigos. La historia gira alrededor de Shirou y de su compromiso en la Guerra Santa por el Grail.