Neon Genesis Evangelion fue originalmente un anime, del cual más tarde se empezó a publicar un manga. Este orden es el inverso al que habitualmente se sigue en Japón, donde un anime sigue a un manga exitoso. Está dibujado y escrito por Yoshiyuki Sadamoto, el colaborador de Hideaki Anno en el diseño de personajes en la serie animada.

Este manga es prácticamente una segunda interpretación de la historia. Su autor, al tener la posibilidad de narrar la historia en formato manga optó por cambiar varios aspectos del desarrollo. Creó así gran cantidad de escenas nuevas o muy distintas y hasta dio explicaciones más claras y directas a enigmas que en el anime solo se pudieron inferir. Sadamoto afirma que el manga es su propia interpretación de Evangelion, mientras que el anime es la interpretación de Hideaki Anno.

01- Tomo 1: El ataque del ángel
02- Tomo 2: Chicos y Cuchillos
03- Tomo 3: Cicatrices Blancas
04- Tomo 4: Asuka llega a Japón
05- Tomo 5: Lápida
06- Tomo 6: El Cuarto Elegido
07- Tomo 7: La lucha de un hombre
08- Tomo 8: Madre
09- Tomo 9: El quinto elegido
10- Tomo 10: Lágrimas
11- Tomo 11: Memorias en la Palma de la Mano