Pyontaro, Hiroshi y Tsubame reciben un DVD capaz de abrir una puerta a un universo paralelo. Cuando Futaba, la hermana menor de Pyontaro, atraviesa esa puerta y es secuestrada, los tres amigos salen a buscarla. En ese mundo de apariencia realista, sus cuerpos de dibujo animado les conceden capacidades extraordinarias. Thunder 3 combina esa diferencia visual con una aventura de rescate y ciencia ficción.